Εντός του 2017, με στόχο τη βελτίωση της λειτουργίας και αποτελεσματικότητάς του, το Ίδρυμα προχώρησε στην εφαρμογή ενός νέου Λειτουργικού Μοντέλου συμπεριλαμβανομένης μίας νέας Οργανωτικής Δομής.

Σύμφωνα με τη νέα Οργανωτική Δομή, η διοίκηση του Ιδρύματος ασκείται από το Διοικητικό Συμβούλιο και η διεύθυνση από το Γενικό Διευθυντή.

Οι δραστηριότητες του Ιδρύματος κατανέμονται σε πέντε (5) Μονάδες:

Μονάδα Στρατηγικού Σχεδιασμού,
Μονάδα Έργων Έρευνας και Καινοτομίας,
Μονάδα Προώθησης και Συμβουλευτικών Υπηρεσιών,
Μονάδα Διοικητικών και Οικονομικών Υπηρεσιών και
Μονάδα Καινοτομίας.

Ο νέος τρόπος  οργάνωσης του Ιδρύματος συνδυάζει την τμηματική οργάνωση με στοιχεία οργάνωσης «matrix», για σκοπούς ενίσχυσης της οριζόντιας συνεργασίας και συνέργειας μεταξύ των Μονάδων και αύξησης της αποδοτικότητας.

Το Οργανόγραμμα του Ιδρύματος Έρευνας και Καινοτομίας περιλαμβάνει τρία επίπεδα αναφοράς. Στο πρώτο επίπεδο είναι το Διοικητικό Συμβούλιο του Ιδρύματος, στο δεύτερο η Γενική Διεύθυνση και η διαχείριση θεμάτων ανθρώπινου δυναμικού και στο τρίτο οι πέντε Μονάδες του Ιδρύματος.