Το Διοικητικό Συμβούλιο αποτελεί το ανώτατο διοικητικό όργανο του Ιδρύματος και αποτελείται από εννέα (9) μέλη ως ακολούθως:

• τον Επικεφαλής Επιστήμονα, ex-officio, ως Πρόεδρο, με θητεία μέχρι τη λήξη της θητείας του Προέδρου της Δημοκρατίας, και
• οκτώ (8) αριστίνδην μέλη, τα οποία διορίζονται από το Υπουργικό Συμβούλιο, εκ των οποίων δύο προέρχονται από τη Δημόσια Υπηρεσία και δύο καθ’ υπόδειξη της Συνόδου Πρυτάνεων Κυπριακών Πανεπιστημίων.

Η θητεία των Μελών του Διοικητικού Συμβουλίου είναι πενταετής με δυνατότητα επαναδιορισμού. Τα αριστίνδην μέλη συμμετέχουν υπό την προσωπική τους ιδιότητα και αποτελούν προσωπικότητες υψηλού κύρους με ευρεία γνώση των θεμάτων έρευνας, τεχνολογικής ανάπτυξης και καινοτομίας.